MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Clostridium perfringens ATCC 13124 chromosome

Total Repeats: 91288

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008261	AAC	2	6	122	127	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_008261	AAT	2	6	143	148	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_008261	TAT	2	6	166	171	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_008261	TTA	2	6	174	179	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_008261	T	6	6	180	185	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_008261	TA	3	6	223	228	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_008261	CAA	2	6	240	245	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_008261	TTG	2	6	262	267	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
9	NC_008261	T	7	7	272	278	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_008261	ATA	2	6	279	284	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_008261	TAA	2	6	313	318	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_008261	TAA	2	6	340	345	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_008261	GGA	2	6	399	404	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
14	NC_008261	AGA	2	6	406	411	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110799791
15	NC_008261	AAT	2	6	426	431	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110799791
16	NC_008261	ATA	2	6	453	458	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110799791
17	NC_008261	ATA	2	6	526	531	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110799791
18	NC_008261	TTA	2	6	594	599	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110799791
19	NC_008261	AGA	3	9	665	673	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110799791
20	NC_008261	AGAA	2	8	694	701	75 %	0 %	25 %	0 %	110799791
21	NC_008261	GAA	2	6	704	709	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110799791
22	NC_008261	ATG	2	6	721	726	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110799791
23	NC_008261	TGA	2	6	749	754	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110799791
24	NC_008261	GCA	2	6	828	833	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	110799791
25	NC_008261	ATT	2	6	875	880	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110799791
26	NC_008261	GGA	2	6	888	893	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	110799791
27	NC_008261	ATGC	2	8	918	925	25 %	25 %	25 %	25 %	110799791
28	NC_008261	TTC	2	6	940	945	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	110799791
29	NC_008261	AGT	2	6	965	970	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110799791
30	NC_008261	ATC	2	6	977	982	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110799791
31	NC_008261	TTA	2	6	1003	1008	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110799791
32	NC_008261	GAT	2	6	1020	1025	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110799791
33	NC_008261	TTA	2	6	1068	1073	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110799791
34	NC_008261	GAT	2	6	1077	1082	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110799791
35	NC_008261	ATTCA	2	10	1083	1092	40 %	40 %	0 %	20 %	110799791
36	NC_008261	AAG	2	6	1114	1119	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110799791
37	NC_008261	TTC	2	6	1122	1127	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	110799791
38	NC_008261	ATC	2	6	1172	1177	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110799791
39	NC_008261	AGA	2	6	1208	1213	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110799791
40	NC_008261	ACC	2	6	1259	1264	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	110799791
41	NC_008261	A	6	6	1296	1301	100 %	0 %	0 %	0 %	110799791
42	NC_008261	TA	4	8	1342	1349	50 %	50 %	0 %	0 %	110799791
43	NC_008261	CTA	2	6	1351	1356	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110799791
44	NC_008261	AAATC	2	10	1357	1366	60 %	20 %	0 %	20 %	110799791
45	NC_008261	AAT	2	6	1400	1405	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110799791
46	NC_008261	CT	3	6	1415	1420	0 %	50 %	0 %	50 %	110799791
47	NC_008261	ATA	2	6	1470	1475	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110799791
48	NC_008261	TAA	2	6	1478	1483	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110799791
49	NC_008261	ATT	2	6	1531	1536	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110799791
50	NC_008261	AGA	2	6	1569	1574	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110799791
51	NC_008261	GAA	2	6	1656	1661	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110799791
52	NC_008261	TGG	2	6	1664	1669	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	110799791
53	NC_008261	TAC	2	6	1679	1684	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110799791
54	NC_008261	A	6	6	1702	1707	100 %	0 %	0 %	0 %	110799791
55	NC_008261	TGA	2	6	1727	1732	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110799791
56	NC_008261	ATA	2	6	1797	1802	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_008261	TAT	2	6	1809	1814	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_008261	ATT	2	6	1832	1837	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_008261	TAT	2	6	1843	1848	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_008261	T	6	6	1848	1853	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_008261	TTATT	2	10	1859	1868	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_008261	A	6	6	1910	1915	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_008261	TACTAT	2	12	1971	1982	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_008261	TAT	4	12	1980	1991	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_008261	TAT	2	6	1995	2000	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_008261	AT	3	6	2007	2012	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_008261	TAT	2	6	2014	2019	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_008261	AGG	2	6	2064	2069	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
69	NC_008261	AAAT	2	8	2099	2106	75 %	25 %	0 %	0 %	110798947
70	NC_008261	CTATAG	2	12	2116	2127	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	110798947
71	NC_008261	CAA	2	6	2152	2157	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	110798947
72	NC_008261	AGTT	2	8	2275	2282	25 %	50 %	25 %	0 %	110798947
73	NC_008261	GA	3	6	2302	2307	50 %	0 %	50 %	0 %	110798947
74	NC_008261	TAA	2	6	2308	2313	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110798947
75	NC_008261	TAAAAT	2	12	2330	2341	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110798947
76	NC_008261	AGA	2	6	2354	2359	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110798947
77	NC_008261	TTA	2	6	2397	2402	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110798947
78	NC_008261	AGA	2	6	2414	2419	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110798947
79	NC_008261	CTT	2	6	2500	2505	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	110798947
80	NC_008261	TTC	2	6	2536	2541	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	110798947
81	NC_008261	TAT	2	6	2548	2553	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110798947
82	NC_008261	TAG	2	6	2581	2586	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110798947
83	NC_008261	ACAAT	2	10	2635	2644	60 %	20 %	0 %	20 %	110798947
84	NC_008261	AGA	2	6	2693	2698	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110798947
85	NC_008261	AACAT	2	10	2715	2724	60 %	20 %	0 %	20 %	110798947
86	NC_008261	ATT	2	6	2741	2746	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110798947
87	NC_008261	ATG	2	6	2803	2808	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110798947
88	NC_008261	TTA	2	6	2811	2816	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110798947
89	NC_008261	AAAC	2	8	2850	2857	75 %	0 %	0 %	25 %	110798947
90	NC_008261	AAGG	2	8	2895	2902	50 %	0 %	50 %	0 %	110798947
91	NC_008261	TGA	2	6	2933	2938	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110798947
92	NC_008261	AGA	2	6	2981	2986	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110798947
93	NC_008261	TACT	2	8	3039	3046	25 %	50 %	0 %	25 %	110798947
94	NC_008261	A	6	6	3056	3061	100 %	0 %	0 %	0 %	110798947
95	NC_008261	TAT	2	6	3113	3118	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110798947
96	NC_008261	T	6	6	3239	3244	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_008261	ATTTT	2	10	3245	3254	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_008261	T	7	7	3251	3257	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_008261	TG	3	6	3292	3297	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
100	NC_008261	AAG	2	6	3309	3314	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110799682
101	NC_008261	A	7	7	3451	3457	100 %	0 %	0 %	0 %	110799682
102	NC_008261	TGA	2	6	3466	3471	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110799682
103	NC_008261	TA	3	6	3570	3575	50 %	50 %	0 %	0 %	110801062
104	NC_008261	AATT	3	12	3586	3597	50 %	50 %	0 %	0 %	110801062
105	NC_008261	TA	3	6	3692	3697	50 %	50 %	0 %	0 %	110801062
106	NC_008261	CA	3	6	3718	3723	50 %	0 %	0 %	50 %	110801062
107	NC_008261	A	7	7	3839	3845	100 %	0 %	0 %	0 %	110801062
108	NC_008261	AATT	2	8	3886	3893	50 %	50 %	0 %	0 %	110801062
109	NC_008261	TC	3	6	3916	3921	0 %	50 %	0 %	50 %	110801062
110	NC_008261	AGA	2	6	3923	3928	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110801062
111	NC_008261	AAG	3	9	3959	3967	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110801062
112	NC_008261	TAT	2	6	4005	4010	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110801062
113	NC_008261	ATA	2	6	4027	4032	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110801062
114	NC_008261	GAAA	2	8	4044	4051	75 %	0 %	25 %	0 %	110801062
115	NC_008261	AT	3	6	4095	4100	50 %	50 %	0 %	0 %	110801062
116	NC_008261	GA	3	6	4123	4128	50 %	0 %	50 %	0 %	110801062
117	NC_008261	AT	3	6	4151	4156	50 %	50 %	0 %	0 %	110801062
118	NC_008261	AGA	2	6	4211	4216	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110801062
119	NC_008261	AT	3	6	4229	4234	50 %	50 %	0 %	0 %	110801062
120	NC_008261	ATA	2	6	4255	4260	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110801062
121	NC_008261	A	6	6	4298	4303	100 %	0 %	0 %	0 %	110801062
122	NC_008261	GAT	2	6	4344	4349	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110801062
123	NC_008261	AT	4	8	4354	4361	50 %	50 %	0 %	0 %	110801062
124	NC_008261	ATA	2	6	4366	4371	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110801062
125	NC_008261	ATA	2	6	4446	4451	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110801062
126	NC_008261	TTA	3	9	4479	4487	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110801062
127	NC_008261	GAT	2	6	4488	4493	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110801062
128	NC_008261	A	6	6	4544	4549	100 %	0 %	0 %	0 %	110801062
129	NC_008261	TAA	2	6	4561	4566	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110801062
130	NC_008261	AGA	2	6	4580	4585	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110801062
131	NC_008261	AGG	2	6	4653	4658	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
132	NC_008261	GA	3	6	4682	4687	50 %	0 %	50 %	0 %	110800243
133	NC_008261	GTA	2	6	4690	4695	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110800243
134	NC_008261	TTG	2	6	4793	4798	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	110800243
135	NC_008261	GATA	2	8	4842	4849	50 %	25 %	25 %	0 %	110800243
136	NC_008261	TCA	2	6	4879	4884	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110800243
137	NC_008261	ATTA	2	8	4909	4916	50 %	50 %	0 %	0 %	110800243
138	NC_008261	TTA	2	6	4953	4958	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_008261	ATTT	2	8	4965	4972	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_008261	ATTT	2	8	5004	5011	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_008261	AAT	2	6	5053	5058	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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276	NC_008261	AAAT	2	8	9801	9808	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
277	NC_008261	ATATA	2	10	9816	9825	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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279	NC_008261	ATATA	2	10	9885	9894	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
280	NC_008261	CAA	2	6	9971	9976	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
281	NC_008261	A	6	6	9980	9985	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
282	NC_008261	A	6	6	10006	10011	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
283	NC_008261	T	6	6	10013	10018	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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